Основной клинической базой кафедры является ГБУЗ СК «Городская клиническая больница № 2» г. Ставрополя, которая имеет 10 лечебных отделений, из них на более чем 500 коек. Кафедра располагается в отдельном корпусе. Клиническая база для обучения слушателей находится в терапевтическом, ревматологическом, гастроэнтерологическом отделениях и отделении восстановительной терапии больницы с общим количеством коек — 210. На кафедре имеются лекционная аудитория, пять учебных комнаты, 1 лаборантская, 1 материальная. Кафедра обеспечена проводным интернетом. Для чтения лекций и проведения семинарских и практических занятий со слушателями, клиническими ординаторами и врачами – интернами используется также база «Центра образовательной и клинической гастроэнтерологии, гепатологии и панкреатологии», ул. Комсомольская, 65А